Class
HardwiredShape
A structure to define a fixed gapped shape.
HardwiredShape<P1, P2, ..., Pn>
Include Headers
seqan/index.h
Parameters
Pi
Pi is the distance of the i'th '1' to the next '1' in the shape.
Remarks: At most 20 parameters are allowed, so the maximal shape weight is 21.
Remarks
You can use this structure to define your one gapped shapes in conjunction with GappedShape.
Note: The shape 1100101 corresponds to HardwiredShape<1,3,2>.
Note: The following predefined shapes are already available in seqan/index/shape_predefined.h:
1// ==========================================================================
2//                 SeqAn - The Library for Sequence Analysis
3// ==========================================================================
4// Copyright (c) 2006-2013, Knut Reinert, FU Berlin
5// All rights reserved.
6//
7// Redistribution and use in source and binary forms, with or without
8// modification, are permitted provided that the following conditions are met:
9//
10//     * Redistributions of source code must retain the above copyright
11//       notice, this list of conditions and the following disclaimer.
12//     * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
13//       notice, this list of conditions and the following disclaimer in the
14//       documentation and/or other materials provided with the distribution.
15//     * Neither the name of Knut Reinert or the FU Berlin nor the names of
16//       its contributors may be used to endorse or promote products derived
17//       from this software without specific prior written permission.
18//
19// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
20// AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
21// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE
22// ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL KNUT REINERT OR THE FU BERLIN BE LIABLE
23// FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
24// DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
25// SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
26// CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT
27// LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY
28// OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
29// DAMAGE.
30//
31// ==========================================================================
32// Author: David Weese <david.weese@fu-berlin.de>
33// ==========================================================================
34
35#ifndef SEQAN_HEADER_SHAPE_PREDEFINED_H
36#define SEQAN_HEADER_SHAPE_PREDEFINED_H
37
38//SEQAN_NO_GENERATED_FORWARDS: no forwards are generated for this file
39
40namespace SEQAN_NAMESPACE_MAIN
41{
42
43    //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
44    // some predefined gapped shapes
45
46
47    //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
48    // Single seed of
49    // B.Ma and J.Tromp and M.Li, 
50    // "PatternHunter: faster and more sensitive homology search"
51    // Bioinformatics 18, 2002
52    //
53    // weight:11 
54    // length:18
55    // 
56    // shape:
57    // 111010010100110111
58
59    typedef GappedShape< 
60        HardwiredShape< 1, 1, 2, 3, 2, 3, 1, 2, 1, 1 > 
61    > ShapePatternHunter;
62
63
64
65    //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
66    // Multiple seeds of
67    // L.Ilie and S.Ilie, "Fast Computation of Good Multiple Spaced Seeds"
68    // WABI, 2007
69    //
70    // weight:9 
71    // length:15 
72    //
73    // shapes:
74    // 111010100100111
75    // 110100110011101
76    // 111010001011011
77    //
78    // sensitivity:
79    // 65% 0.747975        70% 0.897741
80    // 75% 0.973134        80% 0.996226
81
82    typedef GappedShape< 
83        HardwiredShape< 1, 1, 2, 2, 3, 3, 1, 1 > 
84    > ShapeIlieA1;
85
86    typedef GappedShape< 
87        HardwiredShape< 1, 2, 3, 1, 3, 1, 1, 2 > 
88    > ShapeIlieA2;
89
90    typedef GappedShape< 
91        HardwiredShape< 1, 1, 2, 4, 2, 1, 2, 1 > 
92    > ShapeIlieA3;
93
94
95
96    //////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
97    // Multiple seeds of
98    // L.Ilie and S.Ilie, "Fast Computation of Good Multiple Spaced Seeds"
99    // WABI 2007
100    //
101    // weight:9 
102    // length:13..23 
103    //
104    // shapes:
105    // 1110110100111
106    // 11010000110010111
107    // 11100010010000101011
108    //
109    // sensitivity:
110    // 65% 0.767413        70% 0.910949
111    // 75% 0.978558        80% 0.997357
112
113    typedef GappedShape< 
114        HardwiredShape< 1, 1, 2, 1, 2, 3, 1, 1 > 
115    > ShapeIlieB1;
116
117    typedef GappedShape< 
118        HardwiredShape< 1, 2, 5, 1, 3, 2, 1, 1 > 
119    > ShapeIlieB2;
120
121    typedef GappedShape< 
122        HardwiredShape< 1, 1, 4, 3, 5, 2, 2, 1 > 
123    > ShapeIlieB3;
124
125
126}    // namespace seqan
127
128#endif
SeqAn - Sequence Analysis Library - www.seqan.de
 

Page built @2013/07/11 09:12:34