SeqAn3  3.0.0
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aminoacid_scoring_scheme.hpp
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6 // -----------------------------------------------------------------------------------------------------
7 
14 #pragma once
15 
16 #include <range/v3/algorithm/copy.hpp>
17 
18 #include <seqan3/alignment/scoring/scoring_scheme_base.hpp>
19 #include <seqan3/alphabet/aminoacid/aa27.hpp>
20 #include <seqan3/range/shortcuts.hpp>
21 #include <seqan3/std/algorithm>
22 
23 namespace seqan3
24 {
25 
37 enum class aminoacid_similarity_matrix
38 {
39  //ATTENTION: when you change this, also update set_similarity_matrix() below
44  BLOSUM30,
49  BLOSUM45,
54  BLOSUM62,
59  BLOSUM80
60 };
61 
82 template <Arithmetic score_type = int8_t>
83 class aminoacid_scoring_scheme : public scoring_scheme_base<aminoacid_scoring_scheme<score_type>, aa27, score_type>
84 {
85 private:
87  using base_t = scoring_scheme_base<aminoacid_scoring_scheme<score_type>, aa27, score_type>;
88 
90  using base_t::matrix;
91 public:
94  using base_t::base_t;
96  using typename base_t::matrix_type;
98 
102  //NOTE(h-2): unfortunately these are not inherited in the documentation
104  SEQAN3_DOXYGEN_ONLY(( constexpr aminoacid_scoring_scheme() noexcept {} ))
106  SEQAN3_DOXYGEN_ONLY((
107  template <Arithmetic score_arg_t>
108  constexpr aminoacid_scoring_scheme(match_score<score_arg_t> const ms, mismatch_score<score_arg_t> const mms) {}
109  ))
111  SEQAN3_DOXYGEN_ONLY(( constexpr aminoacid_scoring_scheme(matrix_type const & _matrix) noexcept {} ))
112 
115  constexpr aminoacid_scoring_scheme(aminoacid_similarity_matrix const matrix_id)
116  {
117  set_similarity_matrix(matrix_id);
118  }
120 
128  constexpr void set_similarity_matrix(aminoacid_similarity_matrix const matrix_id)
129  {
130  switch (matrix_id)
131  {
132  case aminoacid_similarity_matrix::BLOSUM30: std::ranges::copy(blosum30, begin(matrix)); break;
133  case aminoacid_similarity_matrix::BLOSUM45: std::ranges::copy(blosum45, begin(matrix)); break;
134  case aminoacid_similarity_matrix::BLOSUM62: std::ranges::copy(blosum62, begin(matrix)); break;
135  case aminoacid_similarity_matrix::BLOSUM80: std::ranges::copy(blosum80, begin(matrix)); break;
136  default:
137  throw std::invalid_argument{"ERROR in set_similarity_matrix(), matrix_id has no matrix."};
138  }
139  }
141 
142 private:
144  static constexpr matrix_type blosum30
145  {{
147  //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
148  { 4, 0, -3, 0, 0, -2, 0, -2, 0, -1, 0, -1, 1, 0, 0, -1, 1, -1, 1, 1, 0, 1, -5, -4, 0, 0, -7},//A
149  { 0, 5, -2, 5, 0, -3, 0, -2, -2, -2, 0, -1, -2, 4, -1, -2, -1, -2, 0, 0, -1, -2, -5, -3, 0, -1, -7},//B
150  {-3, -2, 17, -3, 1, -3, -4, -5, -2, -1, -3, 0, -2, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -6, 0, -2, -7},//C
151  { 0, 5, -3, 9, 1, -5, -1, -2, -4, -3, 0, -1, -3, 1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -2, -4, -1, 0, -1, -7},//D
152  { 0, 0, 1, 1, 6, -4, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -1, -1, -1, 1, 2, -1, 0, -2, -1, -3, -1, -2, 5, -1, -7},//E
153  {-2, -3, -3, -5, -4, 10, -3, -3, 0, 1, -1, 2, -2, -1, -1, -4, -3, -1, -1, -2, -1, 1, 1, 3, -4, -1, -7},//F
154  { 0, 0, -4, -1, -2, -3, 8, -3, -1, -2, -1, -2, -2, 0, -1, -1, -2, -2, 0, -2, -1, -3, 1, -3, -2, -1, -7},//G
155  {-2, -2, -5, -2, 0, -3, -3, 14, -2, -2, -2, -1, 2, -1, -1, 1, 0, -1, -1, -2, -1, -3, -5, 0, 0, -1, -7},//H
156  { 0, -2, -2, -4, -3, 0, -1, -2, 6, 4, -2, 2, 1, 0, 0, -3, -2, -3, -1, 0, 0, 4, -3, -1, -3, 0, -7},//I
157  {-1, -2, -1, -3, -2, 1, -2, -2, 4, 4, -2, 3, 2, -1, 0, -3, -2, -3, -2, 0, 0, 3, -3, 1, -2, 0, -7},//J
158  { 0, 0, -3, 0, 2, -1, -1, -2, -2, -2, 4, -2, 2, 0, 0, 1, 0, 1, 0, -1, 0, -2, -2, -1, 1, 0, -7},//K
159  {-1, -1, 0, -1, -1, 2, -2, -1, 2, 3, -2, 4, 2, -2, 0, -3, -2, -2, -2, 0, 0, 1, -2, 3, -1, 0, -7},//L
160  { 1, -2, -2, -3, -1, -2, -2, 2, 1, 2, 2, 2, 6, 0, 0, -4, -1, 0, -2, 0, 0, 0, -3, -1, -1, 0, -7},//M
161  { 0, 4, -1, 1, -1, -1, 0, -1, 0, -1, 0, -2, 0, 8, 0, -3, -1, -2, 0, 1, 0, -2, -7, -4, -1, 0, -7},//N
162  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -1, 0, -2, -1, 0, -1, -7},//O
163  {-1, -2, -3, -1, 1, -4, -1, 1, -3, -3, 1, -3, -4, -3, -1, 11, 0, -1, -1, 0, -1, -4, -3, -2, 0, -1, -7},//P
164  { 1, -1, -2, -1, 2, -3, -2, 0, -2, -2, 0, -2, -1, -1, 0, 0, 8, 3, -1, 0, 0, -3, -1, -1, 4, 0, -7},//Q
165  {-1, -2, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -3, -3, 1, -2, 0, -2, -1, -1, 3, 8, -1, -3, -1, -1, 0, 0, 0, -1, -7},//R
166  { 1, 0, -2, 0, 0, -1, 0, -1, -1, -2, 0, -2, -2, 0, 0, -1, -1, -1, 4, 2, 0, -1, -3, -2, -1, 0, -7},//S
167  { 1, 0, -2, -1, -2, -2, -2, -2, 0, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, -3, 2, 5, 0, 1, -5, -1, -1, 0, -7},//T
168  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -1, 0, -2, -1, 0, -1, -7},//U
169  { 1, -2, -2, -2, -3, 1, -3, -3, 4, 3, -2, 1, 0, -2, 0, -4, -3, -1, -1, 1, 0, 5, -3, 1, -3, 0, -7},//V
170  {-5, -5, -2, -4, -1, 1, 1, -5, -3, -3, -2, -2, -3, -7, -2, -3, -1, 0, -3, -5, -2, -3, 20, 5, -1, -2, -7},//W
171  {-4, -3, -6, -1, -2, 3, -3, 0, -1, 1, -1, 3, -1, -4, -1, -2, -1, 0, -2, -1, -1, 1, 5, 9, -2, -1, -7},//X
172  { 0, 0, 0, 0, 5, -4, -2, 0, -3, -2, 1, -1, -1, -1, 0, 0, 4, 0, -1, -1, 0, -3, -1, -2, 4, 0, -7},//Y
173  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -1, 0, -2, -1, 0, -1, -7},//Z
174  {-7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, -7, 1} //*
176  }};
177 
179  static constexpr matrix_type blosum45
180  {{
182  //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
183  { 5, -1, -1, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -2, 1, 0, 0, 0, -2, -2, -1, 0, -5},//A
184  {-1, 4, -2, 5, 1, -3, -1, 0, -3, -3, 0, -3, -2, 4, -1, -2, 0, -1, 0, 0, -1, -3, -4, -2, 2, -1, -5},//B
185  {-1, -2, 12, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -1, -1, -2, -1, -5, -3, -3, -2, -5},//C
186  {-2, 5, -3, 7, 2, -4, -1, 0, -4, -4, 0, -3, -3, 2, -1, -1, 0, -1, 0, -1, -1, -3, -4, -2, 1, -1, -5},//D
187  {-1, 1, -3, 2, 6, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -2, 0, -1, 0, 2, 0, 0, -1, -1, -3, -3, -2, 4, -1, -5},//E
188  {-2, -3, -2, -4, -3, 8, -3, -2, 0, 1, -3, 1, 0, -2, -1, -3, -4, -2, -2, -1, -1, 0, 1, 3, -3, -1, -5},//F
189  { 0, -1, -3, -1, -2, -3, 7, -2, -4, -4, -2, -3, -2, 0, -1, -2, -2, -2, 0, -2, -1, -3, -2, -3, -2, -1, -5},//G
190  {-2, 0, -3, 0, 0, -2, -2, 10, -3, -3, -1, -2, 0, 1, -1, -2, 1, 0, -1, -2, -1, -3, -3, 2, 0, -1, -5},//H
191  {-1, -3, -3, -4, -3, 0, -4, -3, 5, 4, -3, 2, 2, -2, -1, -2, -2, -3, -2, -1, -1, 3, -2, 0, -3, -1, -5},//I
192  {-1, -3, -3, -4, -3, 1, -4, -3, 4, 4, -3, 4, 2, -3, -1, -3, -2, -3, -3, -1, -1, 2, -2, 0, -3, -1, -5},//J
193  {-1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, -3, 5, -3, -1, 0, -1, -1, 1, 3, -1, -1, -1, -2, -2, -1, 1, -1, -5},//K
194  {-1, -3, -2, -3, -2, 1, -3, -2, 2, 4, -3, 5, 2, -3, -1, -3, -2, -2, -3, -1, -1, 1, -2, 0, -2, -1, -5},//L
195  {-1, -2, -2, -3, -2, 0, -2, 0, 2, 2, -1, 2, 6, -2, -1, -2, 0, -1, -2, -1, -1, 1, -2, 0, -1, -1, -5},//M
196  {-1, 4, -2, 2, 0, -2, 0, 1, -2, -3, 0, -3, -2, 6, -1, -2, 0, 0, 1, 0, -1, -3, -4, -2, 0, -1, -5},//N
197  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -5},//O
198  {-1, -2, -4, -1, 0, -3, -2, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2, -1, 9, -1, -2, -1, -1, -1, -3, -3, -3, -1, -1, -5},//P
199  {-1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -2, -2, 1, -2, 0, 0, -1, -1, 6, 1, 0, -1, -1, -3, -2, -1, 4, -1, -5},//Q
200  {-2, -1, -3, -1, 0, -2, -2, 0, -3, -3, 3, -2, -1, 0, -1, -2, 1, 7, -1, -1, -1, -2, -2, -1, 0, -1, -5},//R
201  { 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -3, -1, -3, -2, 1, 0, -1, 0, -1, 4, 2, 0, -1, -4, -2, 0, 0, -5},//S
202  { 0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -1, 2, 5, 0, 0, -3, -1, -1, 0, -5},//T
203  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -5},//U
204  { 0, -3, -1, -3, -3, 0, -3, -3, 3, 2, -2, 1, 1, -3, -1, -3, -3, -2, -1, 0, -1, 5, -3, -1, -3, -1, -5},//V
205  {-2, -4, -5, -4, -3, 1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -4, -2, -3, -2, -2, -4, -3, -2, -3, 15, 3, -2, -2, -5},//W
206  {-2, -2, -3, -2, -2, 3, -3, 2, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 3, 8, -2, -1, -5},//X
207  {-1, 2, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -1, 0, -1, -1, 4, 0, 0, -1, -1, -3, -2, -2, 4, -1, -5},//Y
208  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -5},//Z
209  {-5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, -5, 1} //*
211  }};
212 
214  static constexpr matrix_type blosum62
215  {{
217  //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
218  { 4, -2, 0, -2, -1, -2, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, -1, -1, -1, 1, 0, 0, 0, -3, -2, -1, 0, -4},//A
219  {-2, 4, -3, 4, 1, -3, -1, 0, -3, -4, 0, -4, -3, 3, -1, -2, 0, -1, 0, -1, -1, -3, -4, -3, 1, -1, -4},//B
220  { 0, -3, 9, -3, -4, -2, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -3, -2, -3, -3, -3, -1, -1, -2, -1, -2, -2, -3, -2, -4},//C
221  {-2, 4, -3, 6, 2, -3, -1, -1, -3, -4, -1, -4, -3, 1, -1, -1, 0, -2, 0, -1, -1, -3, -4, -3, 1, -1, -4},//D
222  {-1, 1, -4, 2, 5, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -3, -2, 0, -1, -1, 2, 0, 0, -1, -1, -2, -3, -2, 4, -1, -4},//E
223  {-2, -3, -2, -3, -3, 6, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 0, -3, -1, -4, -3, -3, -2, -2, -1, -1, 1, 3, -3, -1, -4},//F
224  { 0, -1, -3, -1, -2, -3, 6, -2, -4, -4, -2, -4, -3, 0, -1, -2, -2, -2, 0, -2, -1, -3, -2, -3, -2, -1, -4},//G
225  {-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8, -3, -3, -1, -3, -2, 1, -1, -2, 0, 0, -1, -2, -1, -3, -2, 2, 0, -1, -4},//H
226  {-1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4, 3, -3, 2, 1, -3, -1, -3, -3, -3, -2, -1, -1, 3, -3, -1, -3, -1, -4},//I
227  {-1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 3, 3, -3, 3, 2, -3, -1, -3, -3, -3, -2, -1, -1, 2, -3, -1, -3, -1, -4},//J
228  {-1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, -3, 5, -2, -1, 0, -1, -1, 1, 2, 0, -1, -1, -2, -3, -2, 1, -1, -4},//K
229  {-1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, 3, -2, 4, 2, -3, -1, -3, -2, -2, -2, -1, -1, 1, -2, -1, -3, -1, -4},//L
230  {-1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, 2, -1, 2, 5, -2, -1, -2, 0, -1, -1, -1, -1, 1, -1, -1, -1, -1, -4},//M
231  {-2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, -3, 0, -3, -2, 6, -1, -2, 0, 0, 1, 0, -1, -3, -4, -2, 0, -1, -4},//N
232  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4},//O
233  {-1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -3, -1, -3, -2, -2, -2, 7, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -4, -3, -1, -2, -4},//P
234  {-1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -2, 0, 0, -1, -1, 5, 1, 0, -1, -1, -2, -2, -1, 3, -1, -4},//Q
235  {-1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, -3, 2, -2, -1, 0, -1, -2, 1, 5, -1, -1, -1, -3, -3, -2, 0, -1, -4},//R
236  { 1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -2, 0, -2, -1, 1, 0, -1, 0, -1, 4, 1, 0, -2, -3, -2, 0, 0, -4},//S
237  { 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -1, 1, 5, 0, 0, -2, -2, -1, 0, -4},//T
238  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4},//U
239  { 0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, 2, -2, 1, 1, -3, -1, -2, -2, -3, -2, 0, -1, 4, -3, -1, -2, -1, -4},//V
240  {-3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, -3, -3, -2, -1, -4, -2, -4, -2, -3, -3, -2, -2, -3, 11, 2, -3, -2, -4},//W
241  {-2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -1, -2, -1, -1, -2, -1, -3, -1, -2, -2, -2, -1, -1, 2, 7, -2, -1, -4},//X
242  {-1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, -3, 1, -3, -1, 0, -1, -1, 3, 0, 0, -1, -1, -2, -3, -2, 4, -1, -4},//Y
243  { 0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -4},//Z
244  {-4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1} //*
246  }};
247 
249  static constexpr matrix_type blosum80
250  {{
252  //A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z *
253  { 7, -3, -1, -3, -2, -4, 0, -3, -3, -3, -1, -3, -2, -3, -1, -1, -2, -3, 2, 0, -1, -1, -5, -4, -2, -1, -8},//A
254  {-3, 6, -6, 6, 1, -6, -2, -1, -6, -7, -1, -7, -5, 5, -3, -4, -1, -2, 0, -1, -3, -6, -8, -5, 0, -3, -8},//B
255  {-1, -6, 13, -7, -7, -4, -6, -7, -2, -3, -6, -3, -3, -5, -4, -6, -5, -6, -2, -2, -4, -2, -5, -5, -7, -4, -8},//C
256  {-3, 6, -7, 10, 2, -6, -3, -2, -7, -7, -2, -7, -6, 2, -3, -3, -1, -3, -1, -2, -3, -6, -8, -6, 1, -3, -8},//D
257  {-2, 1, -7, 2, 8, -6, -4, 0, -6, -6, 1, -6, -4, -1, -2, -2, 3, -1, -1, -2, -2, -4, -6, -5, 6, -2, -8},//E
258  {-4, -6, -4, -6, -6, 10, -6, -2, -1, -1, -5, 0, 0, -6, -3, -6, -5, -5, -4, -4, -3, -2, 0, 4, -6, -3, -8},//F
259  { 0, -2, -6, -3, -4, -6, 9, -4, -7, -7, -3, -7, -5, -1, -3, -5, -4, -4, -1, -3, -3, -6, -6, -6, -4, -3, -8},//G
260  {-3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12, -6, -6, -1, -5, -4, 1, -2, -4, 1, 0, -2, -3, -2, -5, -4, 3, 0, -2, -8},//H
261  {-3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7, 5, -5, 2, 2, -6, -2, -5, -5, -5, -4, -2, -2, 4, -5, -3, -6, -2, -8},//I
262  {-3, -7, -3, -7, -6, -1, -7, -6, 5, 5, -5, 4, 3, -6, -2, -5, -5, -5, -4, -3, -2, 3, -5, -3, -6, -2, -8},//J
263  {-1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, -5, 8, -4, -3, 0, -2, -2, 2, 3, -1, -1, -2, -4, -6, -4, 1, -2, -8},//K
264  {-3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, 4, -4, 6, 3, -6, -2, -5, -4, -4, -4, -3, -2, 1, -4, -2, -5, -2, -8},//L
265  {-2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, 3, -3, 3, 9, -4, -2, -4, -1, -3, -3, -1, -2, 1, -3, -3, -3, -2, -8},//M
266  {-3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, -6, 0, -6, -4, 9, -2, -4, 0, -1, 1, 0, -2, -5, -7, -4, -1, -2, -8},//N
267  {-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -2, -5, -3, -1, -2, -8},//O
268  {-1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -5, -2, -5, -4, -4, -3, 12, -3, -3, -2, -3, -3, -4, -7, -6, -2, -3, -8},//P
269  {-2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, -5, 2, -4, -1, 0, -2, -3, 9, 1, -1, -1, -2, -4, -4, -3, 5, -2, -8},//Q
270  {-3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, -5, 3, -4, -3, -1, -2, -3, 1, 9, -2, -2, -2, -4, -5, -4, 0, -2, -8},//R
271  { 2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -4, -1, -4, -3, 1, -1, -2, -1, -2, 7, 2, -1, -3, -6, -3, -1, -1, -8},//S
272  { 0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -3, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -1, -2, 2, 8, -1, 0, -5, -3, -2, -1, -8},//T
273  {-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -2, -5, -3, -1, -2, -8},//U
274  {-1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, 3, -4, 1, 1, -5, -2, -4, -4, -4, -3, 0, -2, 7, -5, -3, -4, -2, -8},//V
275  {-5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, -5, -6, -4, -3, -7, -5, -7, -4, -5, -6, -5, -5, -5, 16, 3, -5, -5, -8},//W
276  {-4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, -3, -4, -2, -3, -4, -3, -6, -3, -4, -3, -3, -3, -3, 3, 11, -4, -3, -8},//X
277  {-2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, -6, 1, -5, -3, -1, -1, -2, 5, 0, -1, -2, -1, -4, -5, -4, 6, -1, -8},//Y
278  {-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -2, -5, -3, -1, -2, -8},//Z
279  {-8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, -8, 1} //*
281  }};
282 
283  //TODO(h-2): add more matrixes
284 };
285 
291 aminoacid_scoring_scheme() -> aminoacid_scoring_scheme<int8_t>;
293 
297 template <Arithmetic score_arg_type>
298 aminoacid_scoring_scheme(match_score<score_arg_type>,
299  mismatch_score<score_arg_type>) -> aminoacid_scoring_scheme<int8_t>;
300 
302 template <Arithmetic score_arg_type>
303 aminoacid_scoring_scheme(std::array<std::array<score_arg_type, 27>, 27>) -> aminoacid_scoring_scheme<score_arg_type>;
304 
308 aminoacid_scoring_scheme(aminoacid_similarity_matrix) -> aminoacid_scoring_scheme<int8_t>;
310 
311 } // namespace seqan3
seqan3::scoring_scheme_base
A CRTP base class for scoring schemes.
Definition: scoring_scheme_base.hpp:99
seqan3::aminoacid_scoring_scheme
A data structure for managing and computing the score of two amino acids.
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:83
seqan3::aminoacid_similarity_matrix::BLOSUM30
The BLOSUM30 matrix for very distantly related proteins.
seqan3::aminoacid_scoring_scheme::set_similarity_matrix
constexpr void set_similarity_matrix(aminoacid_similarity_matrix const matrix_id)
Set the similarity matrix scheme (e.g. BLOSUM62).
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:128
shortcuts.hpp
Provides various shortcuts for common std::ranges functions.
seqan3::scoring_scheme_base< aminoacid_scoring_scheme< score_type >, aa27, score_type >::score_type
score_t score_type
Type of the score values.
Definition: scoring_scheme_base.hpp:106
seqan3::aminoacid_scoring_scheme::aminoacid_scoring_scheme
constexpr aminoacid_scoring_scheme() noexcept
The default constructor (delegates to set_hamming_distance()).
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:104
aa27.hpp
Provides seqan3::aa27, container aliases and string literals.
seqan3::aminoacid_similarity_matrix::BLOSUM80
The BLOSUM80 matrix for closely related proteins.
seqan3::aminoacid_similarity_matrix::BLOSUM45
The BLOSUM45 matrix for distantly related proteins.
seqan3::aminoacid_similarity_matrix::BLOSUM62
The BLOSUM62 matrix recommended for most use-cases.
seqan3
The main SeqAn3 namespace.
seqan3::aminoacid_scoring_scheme::aminoacid_scoring_scheme
constexpr aminoacid_scoring_scheme(aminoacid_similarity_matrix const matrix_id)
Construct for seqan3::aminoacid_similarity_matrix.
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:115
seqan3::aa27
The twenty-seven letter amino acid alphabet.
Definition: aa27.hpp:43
seqan3::match_score
A strong type of underlying type score_type that represents the score of two matching characters...
Definition: scoring_scheme_base.hpp:41
seqan3::mismatch_score
A strong type of underlying type score_type that represents the score two different characters...
Definition: scoring_scheme_base.hpp:66
std::ranges::begin
::ranges::begin begin
Alias for ranges::begin. Returns an iterator to the beginning of a range.
Definition: ranges:174
std::ranges::copy
::ranges::copy copy
Alias for ranges::copy. Copies a range of elements to a new location.
Definition: algorithm:44
seqan3::aminoacid_similarity_matrix
aminoacid_similarity_matrix
Identifiers for amino acid similarity matrixes.
Definition: aminoacid_scoring_scheme.hpp:37
scoring_scheme_base.hpp
Provides seqan3::scoring_scheme_base.
seqan3::scoring_scheme_base< aminoacid_scoring_scheme< score_type >, aa27, score_type >::matrix_type
std::array< std::array< score_type, matrix_size >, matrix_size > matrix_type
Type of the internal matrix (a two-dimensional array).
Definition: scoring_scheme_base.hpp:118
algorithm
Adaptations of algorithms from the Ranges TS.