Typedef Blosum62
BLOSUM62 scoring matrix.

Defined in <seqan/score.h>
Signature typedef Score<int, ScoreMatrix<AminoAcid, ScoreSpecBlosum62> > Blosum62;

Overview

A   4
B  -2  4
C   0 -3  9
D  -2  4 -3  6
E  -1  1 -4  2  5
F  -2 -3 -2 -3 -3  6
G   0 -1 -3 -1 -2 -3  6
H  -2  0 -3 -1  0 -1 -2  8
I  -1 -3 -1 -3 -3  0 -4 -3  4
J  -1 -4 -1 -4 -3  0 -4 -3  3  3
K  -1  0 -3 -1  1 -3 -2 -1 -3 -3  5
L  -1 -4 -1 -4 -3  0 -4 -3  2  3 -2  4
M  -1 -3 -1 -3 -2  0 -3 -2  1  2 -1  2  5
N  -2  3 -3  1  0 -3  0  1 -3 -3  0 -3 -2  6
X   0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1
P  -1 -2 -3 -1 -1 -4 -2 -2 -3 -3 -1 -3 -2 -2 -2  7
Q  -1  0 -3  0  2 -3 -2  0 -3 -3  1 -2  0  0 -1 -1  5
R  -1 -1 -3 -2  0 -3 -2  0 -3 -3  2 -2 -1  0 -1 -2  1  5
S   1  0 -1  0  0 -2  0 -1 -2 -2  0 -2 -1  1  0 -1  0 -1  4
T   0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -1  0  0 -1 -1 -1  1  5
U   0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1  0  0 -1
V   0 -3 -1 -3 -2 -1 -3 -3  3  2 -2  1  1 -3 -1 -2 -2 -3 -2  0 -1  4
W  -3 -4 -2 -4 -3  1 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -1 -4 -2 -4 -2 -3 -3 -2 -2 -3 11
Y  -2 -3 -2 -3 -2  3 -3  2 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -1 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -1  2  7
Z  -1  1 -3  1  4 -3 -2  0 -3 -3  1 -3 -1  0 -1 -1  3  0  0 -1 -1 -2 -3 -2  4
X   0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1  0  0 -1 -1 -2 -1 -1 -1
*  -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4 -4  1

    A  B  C  D  E  F  G  H  I  J  K  L  M  N  O  P  Q  R  S  T  U  V  W  Y  Z  X  *