SeqAn3  3.0.2
The Modern C++ library for sequence analysis.
All Classes Namespaces Files Functions Variables Typedefs Enumerations Enumerator Friends Macros Modules Pages
Class Index
a | b | c | d | e | f | g | h | i | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w
  a  
concatenated_sequences (seqan3)    hit (seqan3::search_cfg)    parallel_policy (seqan3)    size_type (seqan3)   
configuration (seqan3)    hit_all (seqan3::search_cfg)    parallel_unsequenced_policy (seqan3)    small_string (seqan3)   
aa10li (seqan3)    const_iterable_range (seqan3)    hit_all_best (seqan3::search_cfg)    parse_error (seqan3)    small_vector (seqan3)   
aa10murphy (seqan3)    const_reference (seqan3)    hit_single_best (seqan3::search_cfg)    parser_design_error (seqan3)    standard_layout (seqan3)   
aa20 (seqan3)    container (seqan3)    hit_strata (seqan3::search_cfg)    parser_invalid_argument (seqan3)    static_band (seqan3)   
aa27 (seqan3)    counting_vector (seqan3)   
  i  
phred42 (seqan3)    stream_REMOVEME (seqan3)   
algorithm_result_generator_range::algorithm_range_iterator (seqan3)   
  d  
phred63 (seqan3)    structure_file_input (seqan3)   
algorithm_result_generator_range (seqan3)    implicitly_convertible_to (seqan3)    phred68legacy (seqan3)    structure_file_input_default_traits_aa (seqan3)   
aligned_allocator (seqan3)    debug_stream_type (seqan3)    input_directory_validator (seqan3)    pipeable_config_element< derived_t > (seqan3)    structure_file_input_default_traits_rna (seqan3)   
aligned_sequence (seqan3)    deep (seqan3::views)    input_file_validator (seqan3)    pod_tuple (seqan3)    structure_file_input_format (seqan3)   
alignment_coordinate (seqan3)    design_error (seqan3)    input_stream_over (seqan3)    pod_tuple< type0 > (seqan3)    structure_file_input_options (seqan3)   
alignment_file_header (seqan3)    difference_type (seqan3)    interleaved_bloom_filter (seqan3)    pod_tuple< type0, types... > (seqan3)    structure_file_input_traits (seqan3)   
alignment_file_input (seqan3)    dna15 (seqan3)    invalid_alignment_configuration (seqan3)    alignment_file_header::program_info_t (seqan3)    structure_file_output (seqan3)   
alignment_file_input_default_traits (seqan3)    dna3bs (seqan3)    invalid_char_assignment (seqan3)    pseudo_random_access_iterator (seqan3)    structure_file_output_format (seqan3)   
alignment_file_input_format (seqan3)    dna4 (seqan3)    io_error (seqan3)    pseudo_random_access_range (seqan3)    structure_file_output_options (seqan3)   
alignment_file_input_options (seqan3)    dna5 (seqan3)    is_constexpr_default_constructible (seqan3)   
  q  
structured_aa (seqan3)   
alignment_file_input_traits (seqan3)    dot_bracket3 (seqan3)    is_constexpr_default_constructible< t > (seqan3)    structured_rna (seqan3)   
alignment_file_output (seqan3)    dssp9 (seqan3)    is_execution_policy (seqan3)    qualified (seqan3)   
  t  
alignment_file_output_format (seqan3)    dynamic_bitset (seqan3)   
  l  
quality_alphabet (seqan3)   
alignment_file_output_options (seqan3)   
  e  
quality_base (seqan3)    too_few_arguments (seqan3)   
alignment_result (seqan3)    lower_bound (seqan3)   
  r  
too_many_arguments (seqan3)   
alphabet (seqan3::custom)    error_count (seqan3::search_cfg)    lower_diagonal (seqan3::align_cfg)    transformation_trait (seqan3)   
alphabet (seqan3)    error_rate (seqan3::search_cfg)   
  m  
random_access_container (seqan3)    trivial (seqan3)   
alphabet< char_type > (seqan3::custom)    explicitly_convertible_to (seqan3)    range_compatible (seqan3)    trivially_copyable (seqan3)   
alphabet< uint_type > (seqan3::custom)    extension_score (seqan3::align_cfg)    mask (seqan3)    range_innermost_value (seqan3)    trivially_destructible (seqan3)   
alphabet_base (seqan3)   
  f  
masked (seqan3)    aligned_allocator::rebind (seqan3)    tuple_element< elem_no, seqan3::alignment_file_input< traits_type, selected_field_ids, valid_formats > > (std)   
alphabet_base< derived_type, 1ul, char_t > (seqan3)    match_score (seqan3)    record (seqan3)    tuple_element< elem_no, seqan3::record< field_types, field_ids > > (std)   
alphabet_proxy (seqan3)    fields (seqan3)    max_error_deletion (seqan3::search_cfg)    ref_info_not_given (seqan3)    tuple_element< i, t< types... > > (std)   
alphabet_tuple_base (seqan3)    file_open_error (seqan3)    max_error_insertion (seqan3::search_cfg)    reference (seqan3)    tuple_element< i, tuple_t > (std)   
alphabet_variant (seqan3)    file_validator_base (seqan3)    max_error_substitution (seqan3::search_cfg)    regex_validator (seqan3)    tuple_like (seqan3)   
aminoacid_alphabet (seqan3)    floating_point (seqan3)    max_error_total (seqan3::search_cfg)    remove_rvalue_reference (seqan3)    tuple_size< seqan3::alignment_file_input< traits_type, selected_field_ids, valid_formats > > (std)   
aminoacid_base (seqan3)    fm_index (seqan3)    interleaved_bloom_filter::membership_agent (seqan3)    required_option_missing (seqan3)    tuple_size< seqan3::record< field_types, field_ids > > (std)   
aminoacid_empty_base (seqan3)    fm_index_cursor (seqan3)    method_global (seqan3::align_cfg)    reservible_container (seqan3)    tuple_size< t< types... > > (std)   
aminoacid_scoring_scheme (seqan3)    fm_index_cursor_specialisation (seqan3)    method_local (seqan3::align_cfg)    rna15 (seqan3)    tuple_size< tuple_t > (std)   
argument_parser (seqan3)    fm_index_specialisation (seqan3)    min_score (seqan3::align_cfg)    rna4 (seqan3)    type_conversion_failed (seqan3)   
argument_parser_compatible_option (seqan3)    format_bam (seqan3)    mismatch_score (seqan3)    rna5 (seqan3)   
  u  
argument_parser_error (seqan3)    format_embl (seqan3)   
  n  
rna_structure_alphabet (seqan3)   
argument_parser_meta_data (seqan3)    format_error (seqan3)    rvalue_reference (seqan3)    unary_type_trait (seqan3)   
argument_parsing (seqan3::custom)    format_fasta (seqan3)    named_enumeration (seqan3)   
  s  
unexpected_end_of_input (seqan3)   
arithmetic (seqan3)    format_fastq (seqan3)    nucleotide_alphabet (seqan3)    ungapped (seqan3)   
arithmetic_range_validator (seqan3)    format_genbank (seqan3)    nucleotide_base (seqan3)    sam_dna16 (seqan3)    unhandled_extension_error (seqan3)   
  b  
format_sam (seqan3)    nucleotide_scoring_scheme (seqan3)    sam_tag_dictionary (seqan3)    unknown_option (seqan3)   
format_vienna (seqan3)   
  o  
sam_tag_type (seqan3)    unsequenced_policy (seqan3)   
band_fixed_size (seqan3::align_cfg)    free_end_gaps_sequence1_leading (seqan3::align_cfg)    score_type (seqan3::align_cfg)    upper_bound (seqan3)   
bi_fm_index (seqan3)    free_end_gaps_sequence1_trailing (seqan3::align_cfg)    on_result (seqan3::search_cfg)    scoring_scheme (seqan3::align_cfg)    upper_diagonal (seqan3::align_cfg)   
bi_fm_index_cursor (seqan3)    free_end_gaps_sequence2_leading (seqan3::align_cfg)    on_result (seqan3::align_cfg)    scoring_scheme_base (seqan3)    user_input_error (seqan3)   
bi_fm_index_cursor_specialisation (seqan3)    free_end_gaps_sequence2_trailing (seqan3::align_cfg)    open_score (seqan3::align_cfg)    scoring_scheme_for (seqan3)   
  v  
bi_fm_index_specialisation (seqan3)    function_traits< std::function< return_t(args_t...)> > (seqan3)    option_declared_multiple_times (seqan3)    search_result (seqan3)   
bin_count (seqan3)   
  g  
output_alignment (seqan3::align_cfg)    seed (seqan3)    validation_error (seqan3)   
bin_index (seqan3)    output_begin_position (seqan3::align_cfg)    semialphabet (seqan3)    validation_failed (seqan3)   
bin_literal (seqan3)    gap (seqan3)    output_directory_validator (seqan3)    semialphabet_any (seqan3)    validator (seqan3)   
bin_size (seqan3)    gap_cost_affine (seqan3::align_cfg)    output_end_position (seqan3::align_cfg)    sequence (seqan3)    value_list_validator (seqan3)   
interleaved_bloom_filter::membership_agent::binning_bitvector (seqan3)    gap_decorator (seqan3)    output_file_validator (seqan3)    sequence_container (seqan3)    value_type (seqan3)   
bitcompressed_vector (seqan3)    gap_decorator::gap_decorator_iterator (seqan3)    output_index_cursor (seqan3::search_cfg)    sequence_file_input (seqan3)    vectorised (seqan3::align_cfg)   
builtin_character (seqan3)    gap_erase_failure (seqan3)    output_query_id (seqan3::search_cfg)    sequence_file_input_default_traits_aa (seqan3)   
  w  
  c  
gap_open_score (seqan3)    output_reference_begin_position (seqan3::search_cfg)    sequence_file_input_default_traits_dna (seqan3)   
gap_scheme (seqan3)    output_reference_id (seqan3::search_cfg)    sequence_file_input_format (seqan3)    weakly_assignable_from (seqan3)   
cereal_archive (seqan3)    gap_score (seqan3)    output_score (seqan3::align_cfg)    sequence_file_input_options (seqan3)    window_size (seqan3)   
cereal_input_archive (seqan3)   
  h  
output_sequence1_id (seqan3::align_cfg)    sequence_file_input_traits (seqan3)    writable_aligned_sequence (seqan3)   
cereal_output_archive (seqan3)    output_sequence2_id (seqan3::align_cfg)    sequence_file_output (seqan3)    writable_alphabet (seqan3)   
cereal_text_archive (seqan3)    hash< alphabet_t > (std)    output_stream_over (seqan3)    sequence_file_output_format (seqan3)    writable_quality_alphabet (seqan3)   
cerealisable (seqan3)    hash< seqan3::dynamic_bitset< cap > > (std)    overflow_error_on_conversion (seqan3)    sequence_file_output_options (seqan3)    writable_semialphabet (seqan3)   
cigar (seqan3)    hash< urng_t > (std)   
  p  
sequenced_policy (seqan3)    wuss (seqan3)   
cigar_op (seqan3)    hash_function_count (seqan3)    shape (seqan3)   
pair_like (seqan3)   
a | b | c | d | e | f | g | h | i | l | m | n | o | p | q | r | s | t | u | v | w