Here is a list of all class members with links to the classes they belong to:

- b -

• bin() : chopper::layout::hibf_statistics::bin
• bin_kind : chopper::layout::hibf_statistics
• bins : chopper::layout::hibf_statistics::level
• byte_size_to_formatted_str() : chopper::layout::hibf_statistics

- c -

• cardinality : chopper::layout::hibf_statistics::bin
• cereal::access : chopper::configuration, chopper::sketch::sketch_file
• child_level : chopper::layout::hibf_statistics::bin
• child_level_idx : chopper::layout::hibf_statistics::bin
• chopper_config : chopper::sketch::sketch_file
• collect_bins() : chopper::layout::hibf_statistics
• compute_cardinalities() : chopper::layout::hibf_statistics
• compute_sketches_timer : chopper::configuration
• compute_total_query_cost() : chopper::layout::hibf_statistics
• config : chopper::layout::hibf_statistics
• contains() : chopper::layout::ibf_query_cost
• corrected_size : record
• cost_factors : chopper::layout::ibf_query_cost
• counts : chopper::layout::hibf_statistics
• current : progress_bar
• current_query_cost : chopper::layout::hibf_statistics::level

- d -

• data_file : chopper::configuration
• debug : chopper::configuration
• determine_best_tmax : chopper::configuration
• disable_sketch_output : chopper::configuration
• dp_algorithm_timer : chopper::configuration

- e -

• estimated_size : record
• exact() : chopper::layout::ibf_query_cost
• exact_size : record
• expected_HIBF_query_cost : chopper::layout::hibf_statistics

- f -

• filenames : chopper::input_functor, chopper::sketch::sketch_file
• finalize() : chopper::layout::hibf_statistics
• find_closest_fpr() : chopper::layout::ibf_query_cost
• force_all_binnings : chopper::configuration
• fp_correction : chopper::layout::hibf_statistics

- g -

• gather_statistics() : chopper::layout::hibf_statistics

- h -

• hibf_config : chopper::configuration
• hibf_layout : chopper::layout::hibf_statistics
• hibf_statistics() : chopper::layout::hibf_statistics
• hll_bits : cli_args
• hll_sketches : chopper::sketch::sketch_file

- i -

• ibf_mem_size : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• ibf_mem_size_no_corr : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• ibf_query_cost() : chopper::layout::ibf_query_cost
• input : config
• input_are_precomputed_files : chopper::input_functor
• input_path : cli_args
• interpolated() : chopper::layout::ibf_query_cost

- k -

• k : chopper::configuration, cli_args
• kind : chopper::layout::hibf_statistics::bin, record
• kmer_size : chopper::input_functor

- l -

• last_printed : progress_bar
• level : ibf_stats
• load_factor : ibf_stats, per_level_stats

- m -

• max_elements : ibf_stats, per_level_stats
• max_split_tb_span : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• max_ubs_in_merged : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• maximum_t_max : chopper::layout::ibf_query_cost
• merged_fpr_correction_factor : chopper::layout::hibf_statistics
• minHash_sketches : chopper::sketch::sketch_file

- n -

• num_contained_ubs : chopper::layout::hibf_statistics::bin
• num_ibfs : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary, per_level_stats
• num_merged_tbs : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• num_merged_ubs : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• num_spanning_tbs : chopper::layout::hibf_statistics::bin
• num_split_tbs : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• num_split_ubs : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• num_tbs : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• num_ubs : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• number_of_levels : per_level_stats

- o -

• operator()() : chopper::input_functor, std::hash< std::vector< size_t > >
• operator=() : chopper::layout::hibf_statistics::bin, chopper::layout::hibf_statistics, chopper::layout::ibf_query_cost
• output : config
• output_filename : chopper::configuration
• output_path : cli_args
• output_shared_kmers : config
• output_timings : chopper::configuration
• output_verbose_statistics : chopper::configuration

- p -

• per_level_stats() : per_level_stats
• position() : chopper::layout::ibf_query_cost
• precomputed_files : chopper::configuration
• print() : per_level_stats
• print_header_to() : chopper::layout::hibf_statistics
• print_progress() : progress_bar
• print_summary_to() : chopper::layout::hibf_statistics
• progress_bar() : progress_bar

- r -

• read_from() : chopper::configuration
• rearrangement_timer : chopper::configuration
• report() : progress_bar
• report_mutex : progress_bar

- s -

• sequence_alphabet : chopper::input_functor::dna4_traits, dna4_traits, input_traits
• sequence_file_type : chopper::input_functor
• serialize() : chopper::configuration, chopper::sketch::sketch_file
• shared_size : record
• size_in_bits : ibf_stats, per_level_stats
• sketch_directory : chopper::configuration
• sketches : chopper::layout::hibf_statistics
• split_tb_corr_kmers : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• split_tb_kmers : chopper::layout::hibf_statistics::level_summary
• splits : record
• summaries : chopper::layout::hibf_statistics

- t -

• tb_index : chopper::layout::hibf_statistics::bin, record
• tbs_too_big : ibf_stats, per_level_stats
• tbs_too_many_elements : ibf_stats, per_level_stats
• threads : config
• to_formatted_BF_size() : chopper::layout::hibf_statistics
• top_level_ibf : chopper::layout::hibf_statistics
• total : progress_bar
• total_hibf_size_in_byte() : chopper::layout::hibf_statistics
• total_kmer_count : chopper::layout::hibf_statistics
• total_query_cost : chopper::layout::hibf_statistics

- u -

• ub_count : record
• union_estimation_timer : chopper::configuration
• user_bin_indices : chopper::layout::hibf_statistics::bin

- w -

• window_size : chopper::configuration, chopper::input_functor
• write_header_to() : record
• write_to() : chopper::configuration, record

- ~ -

• ~bin() : chopper::layout::hibf_statistics::bin
• ~hibf_statistics() : chopper::layout::hibf_statistics
• ~ibf_query_cost() : chopper::layout::ibf_query_cost