Here is a list of all documented variables with links to the class documentation for each member:

- c -

• cache : seqan3::algorithm_result_generator_range< algorithm_executor_type >, seqan3::detail::alignment_score_matrix_one_column_base< score_t >
• cache_left : seqan3::detail::alignment_trace_matrix_base< trace_t >
• cache_up : seqan3::detail::alignment_trace_matrix_base< trace_t >
• cached_iter : seqan3::detail::view_to_simd< urng_t, simd_t >::iterator_type
• cached_sentinel : seqan3::detail::view_to_simd< urng_t, simd_t >::iterator_type
• cached_simd_chunks : seqan3::detail::view_to_simd< urng_t, simd_t >
• cached_urng_iter : seqan3::detail::single_pass_input_view< urng_t >::state
• cached_value : seqan3::detail::async_input_buffer_view< urng_t >::iterator
• callback : seqan3::align_cfg::on_result< callback_t >, seqan3::search_cfg::on_result< callback_t >
• carry_d0 : seqan3::detail::edit_distance_unbanded< database_t, query_t, align_config_t, edit_traits >::compute_state
• carry_hn : seqan3::detail::edit_distance_unbanded< database_t, query_t, align_config_t, edit_traits >::compute_state
• carry_hp : seqan3::detail::edit_distance_unbanded< database_t, query_t, align_config_t, edit_traits >::compute_state
• centerPadding : seqan3::detail::format_help::console_layout_struct
• cfg_ptr : seqan3::detail::alignment_algorithm< config_t, algorithm_policies_t >, seqan3::detail::edit_distance_algorithm< config_t, traits_t >
• char_to_rank : seqan3::masked< sequence_alphabet_t >
• char_to_rank_table : seqan3::aa10li, seqan3::aa10murphy, seqan3::aa20, seqan3::aa27, seqan3::alphabet_variant< alternative_types >, seqan3::dna15, seqan3::dna16sam, seqan3::dna3bs, seqan3::dna4, seqan3::dna5, seqan3::dot_bracket3, seqan3::dssp9, seqan3::exposition_only::cigar_operation, seqan3::wuss< SIZE >
• char_to_sam_rank : seqan3::format_bam
• chunk_size : seqan3::detail::view_to_simd< urng_t, simd_t >
• chunks_per_load : seqan3::detail::view_to_simd< urng_t, simd_t >
• citation : seqan3::argument_parser_meta_data
• cmd_arguments : seqan3::argument_parser
• col : seqan3::detail::matrix_index< index_t >
• col_dim : seqan3::detail::two_dimensional_matrix< value_t, allocator_t, order >
• col_sep : seqan3::detail::debug_matrix< matrix_t, first_sequence_t, second_sequence_t >::format_type
• column : seqan3::detail::trace_matrix_full< trace_t >::iterator::column_proxy
• column_count : seqan3::detail::coordinate_matrix< index_t >, seqan3::detail::trace_matrix_full< trace_t >
• column_data_view_type : seqan3::detail::alignment_matrix_column_major_range_base< derived_t >
• column_id : seqan3::detail::coordinate_matrix< index_t >::iterator
• column_index : seqan3::detail::alignment_matrix_column_major_range_base< derived_t >::iterator_type, seqan3::detail::alignment_optimum< score_t >, seqan3::detail::coordinate_matrix< index_t >::convert_to_matrix_coordinate
• column_width : seqan3::detail::debug_matrix< matrix_t, first_sequence_t, second_sequence_t >
• columns : seqan3::detail::edit_distance_score_matrix_full< word_t, score_t, is_semi_global, use_max_errors >, seqan3::detail::edit_distance_trace_matrix_full< word_t, is_semi_global, use_max_errors >
• command_line_call : seqan3::sam_file_program_info_t
• command_names : seqan3::detail::format_help_base< derived_type >
• comments : seqan3::sam_file_header< ref_ids_type >
• compare_and_set_optimum : seqan3::detail::policy_optimum_tracker< alignment_configuration_t, optimum_updater_t >, seqan3::detail::policy_optimum_tracker_simd< alignment_configuration_t, optimum_updater_t >
• complete_matrix : seqan3::detail::trace_matrix_full< trace_t >
• completion_fn : seqan3::detail::reader_writer_manager
• compute_begin_positions : seqan3::detail::alignment_configuration_traits< configuration_t >, seqan3::detail::default_edit_distance_trait_type< database_t, query_t, align_config_t, is_semi_global_t, word_t >
• compute_end_positions : seqan3::detail::alignment_configuration_traits< configuration_t >, seqan3::detail::default_edit_distance_trait_type< database_t, query_t, align_config_t, is_semi_global_t, word_t >
• compute_matrix : seqan3::detail::default_edit_distance_trait_type< database_t, query_t, align_config_t, is_semi_global_t, word_t >
• compute_score : seqan3::detail::alignment_configuration_traits< configuration_t >, seqan3::detail::default_edit_distance_trait_type< database_t, query_t, align_config_t, is_semi_global_t, word_t >
• compute_score_matrix : seqan3::detail::default_edit_distance_trait_type< database_t, query_t, align_config_t, is_semi_global_t, word_t >
• compute_sequence_alignment : seqan3::detail::alignment_configuration_traits< configuration_t >, seqan3::detail::default_edit_distance_trait_type< database_t, query_t, align_config_t, is_semi_global_t, word_t >
• compute_trace_matrix : seqan3::detail::default_edit_distance_trait_type< database_t, query_t, align_config_t, is_semi_global_t, word_t >
• condition_message_v : char_predicate
• config : seqan3::detail::edit_distance_unbanded< database_t, query_t, align_config_t, edit_traits >
• const_iterable : seqan3::detail::minimiser_view< urng1_t, urng2_t >, seqan3::detail::view_take_until< urng_t, fun_t, or_throw, and_consume >
• cookie_path : seqan3::detail::version_checker
• coordinate : seqan3::detail::alignment_trace_matrix_proxy< coordinate_type, trace_type >
• coordinate_ : seqan3::detail::edit_distance_trace_matrix_full< word_t, is_semi_global, use_max_errors >::trace_path_iterator
• coordinate_offset : seqan3::detail::simd_global_alignment_state< simd_t >
• count_simd : seqan3::detail::counted_simd_iterator< index_simd_t >
• counter : seqan3::detail::latch
• csv : seqan3::detail::debug_matrix< matrix_t, first_sequence_t, second_sequence_t >, seqan3::trace_directions_printer< detail::trace_directions >
• cummulative_alph_sizes : seqan3::alphabet_tuple_base< derived_type, component_types >
• current : seqan3::detail::alignment_score_matrix_proxy< score_type >, seqan3::detail::alignment_trace_matrix_proxy< coordinate_type, trace_type >, seqan3::detail::spin_delay
• current_chunk_pos : seqan3::detail::view_to_simd< urng_t, simd_t >::iterator_type
• current_column_id : seqan3::detail::score_matrix_single_column< score_t >::matrix_iterator, seqan3::detail::trace_matrix_full< trace_t >::iterator
• current_direction : seqan3::detail::trace_iterator_base< derived_t, matrix_iter_t >
• cursor_ : seqan3::search_result< query_id_type, cursor_type, reference_id_type, reference_begin_position_type >